IJSS : calcul, montant et maintien de salaire

Les IJSS sont les indemnités journalières versées par la Sécurité sociale à un salarié en arrêt de travail. Elles remplacent une partie de son salaire, à hauteur de 50 % du salaire journalier de base en maladie et de 60 puis 80 % en accident du travail. Elles concernent directement l'employeur : c'est lui qui les déduit du salaire maintenu, et souvent lui qui les encaisse par subrogation. Voici comment elles se calculent et comment les traiter en paie.

Qu'est-ce que les IJSS ?

IJSS signifie indemnités journalières de Sécurité sociale. Ce sont des revenus de remplacement versés par la CPAM, et non par l'employeur, lorsqu'un salarié ne peut pas travailler. On parle aussi simplement d'« IJ ».

Trois régimes coexistent, avec des règles de calcul différentes :

Point commun aux trois : les IJSS supportent la CSG-CRDS au taux réduit des revenus de remplacement, mais pas les cotisations sociales classiques. Leur imposition, en revanche, diffère : les IJSS maladie, maternité et paternité sont intégralement imposables, tandis que celles versées au titre d'un accident du travail ne le sont qu'à hauteur de 50 %.

Comment se calculent les IJSS maladie ?

Le calcul se fait en trois temps.

1. Le salaire journalier de base : total des 3 derniers salaires bruts précédant l'arrêt, divisé par 91,25
2. Le plafonnement : le salaire mensuel retenu est limité à 1,4 SMIC, soit 2 613,83 € pour les arrêts débutant à compter du 1^er juillet 2026
3. Le taux : l'indemnité vaut 50 % de ce salaire journalier

Conséquence de ce plafond : l'IJSS maladie ne peut pas dépasser 42,97 € brut par jour. Ce maximum est atteint dès qu'un salarié gagne plus de 2 613,83 € brut par mois, ce qui concerne une large part des salariés en convention Syntec, cadres compris. Plus le salaire est élevé, plus la part couverte par la Sécurité sociale est faible, et plus le complément à la charge de l'employeur est important.

S'y ajoute le délai de carence de 3 jours : la CPAM n'indemnise qu'à partir du quatrième jour d'arrêt. Trois situations l'écartent, mais chacune a ses limites :

• accident du travail ou maladie professionnelle : aucune carence, jamais
• prolongation d'un arrêt : pas de nouvelle carence si la prolongation est sans interruption, ou si la reprise n'a pas excédé 48 heures. Au-delà, la carence redémarre
• affection de longue durée : la carence s'applique une fois, au premier arrêt, puis est écartée pour les arrêts suivants liés à la même ALD pendant la période de 3 ans qu'ouvre ce premier arrêt. Une ALD portant sur une autre pathologie ouvre une nouvelle carence

La durée des arrêts plafonnée au 1^er septembre 2026

Changement à anticiper : la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026 encadre pour la première fois la durée de prescription des arrêts de travail. Pour les arrêts prescrits à compter du 1^er septembre 2026, un arrêt initial ne peut plus dépasser un mois et chaque prolongation deux mois.

Le médecin peut déroger à ces plafonds si l'état de santé le justifie, à condition de motiver sa décision sur l'avis d'arrêt de travail. Il devra par ailleurs y mentionner le motif de l'arrêt. Côté employeur, la conséquence est concrète : des arrêts renouvelés plus souvent, donc davantage d'avis à traiter et de décomptes d'IJSS à suivre pour un même épisode d'absence.

IJSS en accident du travail ou maladie professionnelle

Le régime est plus favorable, sur trois points. Le salaire journalier de référence se calcule sur le seul mois précédant l'arrêt, divisé par 30,42, et non sur trois mois. Le taux est de 60 % du 1^er au 28^e jour, puis de 80 % à partir du 29^e. Et il n'y a aucun délai de carence : l'indemnisation démarre dès le lendemain de l'accident, la journée de l'accident restant intégralement à la charge de l'employeur.

Les plafonds diffèrent également : le salaire journalier de référence est limité à 400,82 € en 2026, ce qui porte l'indemnité maximale à 240,49 € par jour sur les 28 premiers jours, puis à 320,66 €. Des montants sans commune mesure avec le plafond maladie, mais l'indemnité ne peut jamais excéder le gain journalier net du salarié.

Une limite nouvelle s'y ajoute. Jusqu'ici, les IJSS d'accident du travail étaient versées sans limite de durée, jusqu'à guérison ou consolidation. Le décret n^o 2026-501 du 12 juin 2026 les plafonne à 4 ans, pour les sinistres survenant à compter du 1^er janvier 2027. Une nouvelle période de quatre ans peut s'ouvrir si le salarié a repris son activité pendant au moins un an.

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IJSS brutes ou nettes : ce qui apparaît sur la fiche de paie

La CPAM calcule des IJSS brutes, puis en retire la CSG-CRDS avant versement : ce qui est viré est donc un montant net. L'écart atteint 6,7 % au taux plein, mais il tombe à 3,8 % ou à zéro selon le revenu fiscal de référence du salarié : ne le traitez pas comme une constante.

Sur le bulletin, la règle à retenir est simple : ce sont les IJSS brutes qui viennent en déduction du salaire brut maintenu, et jamais les nettes. C'est ce qui donne la bonne assiette de cotisations. Une ligne d'IJSS nettes peut par ailleurs figurer en partie basse du bulletin, dans une garantie de net avec subrogation : elle sert au calcul du net à payer, pas à la déduction du brut. Confondre les deux niveaux est l'erreur la plus fréquente sur ce sujet.

IJSS et maintien de salaire : comment ça s'articule ?

Les IJSS ne sont qu'une partie de ce que perçoit le salarié. En convention Syntec, l'employeur complète les IJSS, sans aucun délai de carence, et les déduit du montant garanti : il ne verse que la différence. Deux nuances comptent avant de calculer.

• la condition d'un an d'ancienneté ne vaut que pour la maladie non professionnelle : en accident du travail ou maladie professionnelle, aucune ancienneté n'est exigée
• le maintien du net habituel sur toute la durée ne concerne que les cadres, indemnisés 90 jours à 100 %. Pour un ETAM, le taux passe à 80 % après 30 ou 60 jours selon son ancienneté

C'est le sens de la mécanique : la Sécurité sociale paie une base plafonnée, l'employeur comble l'écart. Sur un salaire élevé, les IJSS plafonnées à 42,97 € par jour ne couvrent qu'une fraction du net, et le complément devient l'essentiel du versement. Les durées et taux de ce maintien sont détaillés dans notre guide de l'arrêt maladie en convention Syntec.

Qu'est-ce que la subrogation ?

La subrogation consiste, pour l'employeur, à percevoir les IJSS à la place du salarié. Il verse alors l'intégralité du net maintenu, et se fait rembourser directement par la CPAM.

Ses conditions dépendent de l'étendue du maintien de salaire :

• en maintien total, la subrogation est de plein droit : l'employeur la demande sur l'attestation de salaire, sans avoir à recueillir l'accord du salarié
• en maintien partiel, elle suppose l'accord du salarié et que le salaire maintenu soit au moins égal au montant des IJSS

Son intérêt est d'abord pratique : le salarié perçoit une somme unique, l'employeur maîtrise le décompte et évite les régularisations en cascade. En contrepartie, il avance la trésorerie et dépend du délai de remboursement de la caisse.

Attention en revanche à l'idée reçue d'une opération neutre. Même en subrogation, la CPAM précompte la CSG-CRDS avant de virer les IJSS à l'entreprise : le décompte affiche un montant brut, mais l'employeur encaisse un net. Or c'est le brut qui vient en déduction du salaire maintenu. Avec une garantie de net comme en Syntec, il reste donc à la charge de l'employeur un écart résiduel de l'ordre de 6,7 % des IJSS, sauf si le paramétrage de la paie le rattrape explicitement. C'est le principal poste d'erreur sur le sujet.

Le précompte des IJSS en paie

Le précompte est la ligne du bulletin qui retire les IJSS du salaire maintenu, pour éviter que le salarié ne soit payé deux fois. Dans les deux cas de figure, ce sont les IJSS brutes qui viennent en déduction du salaire brut. Ce qui change, c'est qui touche l'argent :

Deux points de vigilance en paie. Les IJSS ne sont connues qu'après traitement par la CPAM : en pratique, on estime puis on régularise au bulletin suivant, ce qui suppose de suivre les décomptes. Et la fraction correspondant aux IJSS n'est pas soumise aux cotisations classiques : la déduire du brut est donc aussi ce qui donne la bonne assiette.

Ce qu'il faut retenir